山东省中医院肛肠科始建于1956年，是省内成立肛肠专科最早的一级科室，整体规模具省内首位，并且在全国肛肠界占有重要地位。经过五十余年的艰苦拼搏，如今的肛肠科已发展成为中医、中西医结合治疗肛肠病的特色优势科室，是山东省肛肠专业龙头单位、肛肠疾病国家级规范诊治示范单位，是山东省教委“九五”、“十五”、“十一五”重点学科主要研究方向之一。2007年成为山东省卫生厅重点中医专科、国家中医药管理局“十一五”规划重点专科建设单位。该科还是山东中医学会肛肠专业委员会和山东中西医结合学会肛肠专业委员会挂靠单位，全国暨山东省肛肠继续医学教育培训基地，博士、硕士学位培养点，主编国家级杂志《中国肛肠病杂志》。
历经几代中医名家的励精图治，如今该科已具有一支技术高超、经验卓著的医疗技术队伍，拥有全国知名肛肠病专家及山东省名中医1名，山东省高层次优秀中医临床人才学科骨干2名。现有技术人员17名，其中主任医师2名、副主任医师7名，博士研究生导师1名，硕士研究生导师5名，博士后流动站1名，硕士9名。目前承担国家“十一五”重点专科项目2项、厅局级课题3项，获奖课题10余项，发表论文近200篇，出版著作20余部。
为了方便患者就诊和治疗，科室建设分工细化，硬件设施配备齐全。科室拥有病房床位82张，门诊设有普通门诊、专家门诊、炎症性肠病门诊、便秘门诊。治疗室包括盆
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底功能检测治疗室、电子结肠镜检查室、大肠水疗室、中药熏洗室，并且配有先进的医疗仪器设备，如电子结肠镜、大肠水疗仪、彩色超声多普勒、肛肠压力测试仪、生物反馈治疗仪、微波治疗仪、痔疮系统治疗仪、直肠腔内理疗仪等，用于专病的检查、诊断和治疗，设备使用率高。
该科博采众长，吸取中医药优势和现代手术技术的双重优点，取长补短，按规范治疗各种肛肠疾病，提倡微创治疗，成功地解决了手术痛苦大的传统治疗问题。对肛肠科常见病痔、肛瘘、肛裂、肛门直肠周围脓肿、直肠脱垂、肛乳头瘤、直肠肛管炎、大肠肿瘤等常见病有独到经验及治疗效果；对功能性便秘、慢性溃疡性结直肠炎、直肠阴道瘘、骶尾部窦道或藏毛窦、肛周顽固性皮肤病等难治性疾病的诊治均有丰富的经验。
在发挥传统中医药正规化专业化治疗肛肠科常见病、多发病优势的基础上，积极结合现代医学新技术，成功开展了环状混合痔和高位复杂性肛瘘的各种适宜术式、内痔套扎术、直肠脱垂（脱肛）的注射疗法、直肠前突修补术、直肠阴道瘘修补术等有效治疗方法。应用多功能肛肠治疗系统治疗肛肠科常见病，痛苦小，患者在门诊即可治疗，无需住院。电子结肠镜室开展结肠腺瘤、结直肠息肉病等高频电凝圈套切除术、电子结肠镜下取活检术。大肠水疗法应用于各种结直肠及肛门病的术前准备，是一种无创性结直肠疾病的保健治疗措施，对炎症性肠病和便秘有良好的治疗效果，是预防癌症的有效选择，进一步提高了科室现代化、多功能化的诊疗服务水平。
肛肠科以中西医结合治疗肛肠疾病为特色，经过几代人的不懈努力，不断探索拓展出众多的中医特色疗法，尤其是非手术疗法和非药物疗法的应用。开发出治疗肛肠疾病的新疗法、新药物、新剂型，研制出内服、外用有效中药制剂17种，具有良好的临床疗效，并得到广泛应用和众多患者的认可。如肛肠病外治法“九华膏”、“生肌玉红膏纱条”、“大黄油纱”等多种有效制剂用于术后创面的修复；中药制剂“复方荆芥方”坐浴熏洗治疗痔及其他肛门疾病，在省内及周边地区享有极高的声誉，在此基础上，又开发出“花子叶汤”，应用于肛肠术后熏洗，简便易行；“三木痔速愈药盒”治疗痔疮，极大方便了患者；“消肿硝矾洗剂”用于痔急性发作坐浴； 口服“秦艽片”用于治疗肛门肿痛下坠、肛窦炎、直肠炎，效果显著，目前数种中药自制剂有待开发及规范以充分突出肛肠病的治疗特色。针对常见难治疾病“功能性便秘”，研发出的“灵菇合剂”临床应用近10年，受到广大患者尤其是老年和小儿便秘患者的好评，获得了良好的社会效益，并荣获了“山东省科技进步奖三等奖”的殊荣。中医药内服、灌肠治疗“溃疡性结肠炎”的研究已逐渐形成体系。
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